قرر المستشار هشام بركات النائب العام إحالة 68 إرهابيا بارزا ، من بينهم محمد محمد ربيع الظواهري ، شقيق الدكتور أيمن الظواهري زعيم تنظيم "القاعدة" الإرهابي ، للمحاكمة الجنائية أمام محكمة الجنايات ; لاتهامهم بإنشاء وإدارة تنظيم إرهابي يرتبط بتنظيم القاعدة ، يستهدف منشآت الدولة وقواتها المسلحة وجهاز الشرطة والمواطنين الأقباط ، بأعمال إرهابية بغية نشر الفوضى وتعريض أمن المجتمع للخطر .
وباشرت نيابة أمن الدولة العليا برئاسة المستشار تامر فرجاني المحامي العام الأول للنيابة , وفريق من محققي النيابة بإشراف المستشار خالد ضياء المحامي العام بالنيابة , التحقيق في القضية والمتهمين فيها , وتم في ختام التحقيقات عرضها على النائب العام الذي أصدر قراره بإحالة القضية لمحكمة الجنايات .
وتضمن قرار الاتهام الصادر في القضية , استمرار حبس 50 متهما بصورة احتياطية على ذمة القضية , والأمر بضبط وإحضار 18 متهما هاربا وحبسهم احتياطيا على ذمة القضية .
وكشفت تحقيقات النيابة العامة أن المتهمين من العناصر الإرهابية شديدة الخطورة , وقاموا بإنشاء وإدارة تنظيم إرهابي يهدف إلى تكفير سلطات الدولة ومواجهتها باستخدام السلاح , لتغيير نظام الحكم بالقوة , والاعتداء على ضباط وأفراد ومنشآت القوات المسلحة والشرطة , واستهداف الأقباط ودور عبادتهم واستحلال أموالهم , وارتكاب أعمال إرهابية بهدف نشر الفوضى في البلاد وتعريض أمن المجتمع للخطر .
وأظهرت تحقيقات النيابة أن الإرهابي محمد الظواهري استغل التغييرات التي طرأت على المشهد السياسي بالبلاد , وعاود نشاطه في قيادة تنظيم الجهاد الإرهابي, وإعادة هيكلته وربطه بالتنظيمات الإرهابية داخل البلاد وخارجها , وذلك إبان فترة حكم الرئيس المعزول محمد مرسي .
وتبين من التحقيقات أن الظواهري أنشأ جماعة متطرفة وقام بإمدادها بالأسلحة النارية ووضعها على أهبة الاستعداد لمواجهة الدولة حال تصاعد الاحتجاجات ضد الرئيس المعزول , بهدف التأثير في أمن البلاد ومقوماتها الاقتصادية , وأنه تمكن بمعاونة الإرهابيين نبيل محمد عبد المجيد المغربي ومحمد السيد حجازي وداود خيرت أبو شنب وعبد الرحمن علي اسكندر , من استقطاب بقية أعضاء التنظيم .