السيدة نفيسة هى بنت الحسن بن زيد بن الحسن بن على بن أبى طالب رضى الله عنه. 

ولدت بمكة ونشأت بالمدينة، وقدمت إلى مصر فى سنة 193 هجرية الموافق 809 ميلادية وأقامت بها إلى أن توفيت فى سنة 208 هجرية الموافق 824 ميلادية حيث دفنت فى منزلها وهو الموضع الذى به قبرها الآن والذى عرف فيما بعد بمشهد السيدة نفيسة، وكانت سيدة صالحة زاهدة تحفظ القرآن وتفسيره.

فى سنة 482 هجرية الموافق 1089 ميلادية أمر الخليفة الفاطمى المستنصر بالله بتجديد الضريح كما أمر الخليفة الحافظ لدين الله فى سنة 532 هجرية الموافق 1138 ميلادية بتجديد القبة.

وفى سنة 714 هجرية الموافق 1314/ 15 ميلادية أمر الناصر محمد بن قلاون بإنشاء مسجد بجوار المشهد وفى سنة 1173 هجرية الموافق 1760 ميلادية جدد الامير عبد الرحمن كتخدا  الضريح والمسجد.

ولما أتلف الحريق قسما كبيرا من المسجد فى سنة 1310 هجرية الموافق 1892/ 93 ميلادية أمر الخديو عباس باشا الثانى بإعادة بنائه هو والضريح وتم ذلك فى سنة 1314 هجرية الموافق 1897 ميلادية وهو المسجد القائم الآن بالحى المعروف باسمها.

يتوسط وجهة المسجد الرئيسة  المدخل وهو بارز عن سمتها ومرتفع عنها .

تغطيه طاقية مقرنصة وتقوم أعلاه منارة رشيقة بنيت مع الوجهة على الطراز المملوكى، ويؤدى هذا المدخل إلى دركاة يصل الإنسان منها إلى داخل المسجد وهو عبارة عن حيز مربع تقريبا مسقوف بسقف خشبى منقوش بزخارف عربية جميلة ويعلو منتصف البائكة الثانية منه شخشيخة مرتفعة، وهذا السقف محمول على ثلاثة صفوف من العقود المرتكزة على أعمدة رخامية مثمنة القطاع.

ويتوسط جدار القبلة محراب مكسو بالقيشانى الملون البديع وفى طرف هذا الجدار وعلى يمين المحراب باب يؤدى إلى ردهة مسقوفة بوسط سقفها شخشيخة حليت بنقوش عربية ومن هذه الردهة يصل الإنسان إلى الضريح بواسطة فتحة معقودة وبوسطه مقصورة نحاسية أقيمت فوق قبر السيدة نفيسة.،

يعلو الضريح قبة ترتكز فى منطقة الانتقال من المربع إلى الاستدارة على أربعة أركان من المقرنص المتعدد الحطات.

ومن الطرائف الأثرية التى نقلت من مشهد السيدة نفيسة ذلك المحراب الخشبىالمتنقل الذى صنع للمشهد بين سنتى 532-541 هجرية الموافق 1137- 1147 ميلادية والمودع الآن بدار الآثار العربية مع محرابين خشبيين آخرين صنع أحدهما للجامع الازهروالثانى لمشهد السيدة رقية ، وفيه تتمثل دقة صناعة النجارة الفاطمية ويتجلى بهاؤها.